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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
P869. PAG-XVIII. |
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Conteúdo: |
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.). MenosTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Algoritmo; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/91866/1/869.pdf
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Marc: |
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520 $aTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.).
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| 2. |  | BATISTA, K.; DUARTE, A. P.; CECCON, G.; DE MARIA, I. C.; CANTARELLA, H. Acúmulo de matéria seca e de nutrientes em forrageiras consorciadas com milho safrinha em função da adubação nitrogenada Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 10, p. 1154-1160, out. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 3. | | BATISTA, K.; DUARTE, A. P.; CECCON, G.; MARIA, I. C. D.; CANTARELLA, H. Acúmulo de matéria seca e de nutrientes em forrageiras consorciadas com milho safrinha em função da adubação nitrogenada. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 10, p. 1154-1160, out. 2011. Título em inglês: Dry matter and nutrient accumulation in forage plants intercropped with off-season maize as a function of nitrogen fertilization.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 4. | | BRAGA, K.; FANTIN, L. H.; CANTERI, M. G.; UTIAMADA, C. M.; MADALOSSO, T.; CAMPOS, H. D.; SILVA, D. D. da; COSTA, R. V. da; MOREIRA, L. S. O.; YADA, I. F. U.; DUARTE, A. P.; COSTA, A. A.; DIAS, A. R.; MUHL, A.; SCHIPANSKI; NAKASHIMA, C.; CHAGAS, D. F.; BETIOLI JÚNIOR, E.; BARROS, E.; BLAINSKI, E.; MOREIRA, E. N.; MEDEIROS, F. C. L.; GARCIA, F. C.; FANTIN, G. M.; COSTA, J. M.; SILVA, J. B. G. D.; ROY, J. M.; GRIGOLI, J. F. J.; NUNES JUNIOR, J.; SATO, L. N.; BELUFI, L. M. R.; MÜLLER, M. A.; TORMEN, N. R.; CARRÉ-MISSIO, V.; CUSTÓDIO, A. A. P. Novos fungicidas foliares são eficientes no controle da mancha branca e promovem ganho de produtividade no milho: uma metanálise. In: SEMINÁRIO NACIONAL DE MILHO SAFRINHA, 16., 2021, Assis. Três décadas de inovações: avanços e desafios: anais. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2021. p. 25-26.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 5. | | BRUNINI, O.; ZULLO JR.; J.; PINTO, H. S.; ASSAD, E.; SAWAZAKI, E.; DUARTE, A. P.; PATTERNIANI, M. E. Z. Riscos climáticos para a cultura do milho no estado de São Paulo. Revista Brasileira de Agrometeorologia, Passo Fundo, v. 9, n. 3, p. 519-526, 2001.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 6. | | BRUNINI, O.; ZULLO JÚNIOR, J.; PINTO, H. S.; ASSAD, E.; SAWAZAKI, E.; DUARTE, A. P.; PATTERNIANI, M. E. Z. Riscos climáticos para a cultura de milho no estado de São Paulo. Revista Brasileira de Agrometeorologia, Passo Fundo, v. 9, n. 3, p. 519-526, dez. 2001. Número especial.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 7. | | CANTELLI, K. B.; DUARTE, A. P.; BUCH, A. C.; NALDONY, H.; KLENK, L. A.; PALACIOS, P. I. C.; BROWN, G. G. Caracterização da fauna edáfica em área de floresta de Pinus e mata nativa no Município de Colombo - PR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Fortaleza: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2009. 3 p. CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | CECCON, G.; DUARTE, A. P.; NUNES, E. da S.; RIBAS, A. L. B. Panorama In: SEMINÁRIO NACIONAL DE MILHO SAFRINHA, 15., 2019. Jataí, GO. Desafios no cultivo do milho safrinha: livro de palestras. Jataí, GO: UFG, 2019. p. 87-106. Editado por: Maria Cristina Dias Paes| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 11. | | CUSTÓDIO, A. A. P.; SILVA, D. D. da; UTIAMADA, C. M.; CAMPOS, H. D.; COSTA, R. V. da; FANTIN, L. H.; YADA, I. F. U.; DUARTE, A. P.; DIAS, A. R.; COSTA, A. A.; MOCHKO. A. C.; CHAGAS, D. F.; SICHOCKO, D.; LUJAN, D. W.; MOREIRA, E. N.; MEDEIROS, F. C. L.; JULIATTI, F. C.; JULIATTI, F. C.; FANTIN, G. M.; ARAÚJO, I. P.; ROY, J. M. T.; GRIGOLLI, J. F. J.; NUNES JÚNIOR, J.; FONTANA, L. F.; BELUFI, L. M. R.; CARNEIRO, L. C.; BRAGA, K.; KUDLAWIEC, K.; SOUSA, M. V.; SENGER, M.; STEFANELLO, M. S.; MÜLLER, M. A.; TORMEN, N. R.; BRAND, S. C.; CARLIN, V. J. Eficiência de fungicidas DMI e MBC no controle das manchas de Bipolaris e túrcicum do milho safrinha em 2021 e 2022. In: SEMINÁRIO NACIONAL DE MILHO SAFRINHA, 17., 2023, Campo Grande, MS. Preservar e produzir: anais. Maracaju: Fundação MS, 2023. p. 77-78.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | DUARTE, A. P.; CRUZ, J. C. Manejo do solo e semeadura do milho safrinha. In: SEMINÁRIO NACIONAL DE MILHO SAFRINHA, 6.; CONFERÊNCIA NACIONAL DE PÓS-COLHEITA, 2.; SIMPÓSIO EM ARMAZENAGEM DE GRÃOS DO MERCOSUL, 2., 2001, Londrina. Valorização da produção e conservação de grãos no Mercosul: resumos e palestras. Londrina: FAPEAGRO: IAPAR, 2001. p. 45-71.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 15. | | DUARTE, A. P.; GERAGE, A. C.; CECCON, G.; SILVA, V. A. da; CRUZ, J. C.; BIANCO, R.; SOUZA, E. D.; PEREIRA, F. C.; SOARES FILHO, R. Milho safrinha. In: CRUZ, J. C.; MAGALHAES, P. C.; PEREIRA FILHO, I. A.; MOREIRA, J. A. A. (Ed.). Milho: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2011. cap. 20, p. 307-324. (Coleção 500 perguntas, 500 respostas).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Milho e Sorgo. |
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